除了种植咖啡的土地面积有大小之分、传统种植方法和技术密集型种植的区别之外，咖啡种植还有一个重大的区别就是：是否在咖啡种植园使用遮光树木。

      像巴西、哥伦比亚、哥斯达黎加、肯尼亚和越南这样的 咖啡出产大国，每公顷咖啡产量极高，这些国家专门生长阳光直射的咖啡。其他的咖啡生产国，农业技术化程度较低，每公顷的生产率较低，他们使用遮光树木，究竟要不要使用遮光树木取决于一系列因素：纬度、气候条件、当地条件、土壤管理、种植园技术和规模，最后是选择种植的咖啡品种。最近的研究我们对于这两种不同的方法带来的环境影响有了更深的理解。

        有了遮光树木，就能缓解昼夜温差，保护咖啡树不受霜冻和寒风，减少野草的生长，防止水土流失。同时，遮光树木能够使土壤更肥沃，使之富含有机物质和矿物质。同时，当人们使用豆类植物作覆盖物的时候，他们能提高土壤中氮的含量。随着海拔高度的不同，遮光树木大约可以减少阳光直射强度的四分之一。选择遮光树木时，应选择深根植物，避免遮光植物同咖啡树争抢营养物质和水分。遮光植物应该从土壤深层吸收养分，然后通过落叶的分离腐化，把养料带到地表。种植永久遮光的树木应该有较大的间距。同时，还要种植用于气候防护的快速生长的树木，大部分情况下，这些树木在几年之后就迁移掉。

        同阳光直射的咖啡种植园相比，有遮光树木的种植园有更为丰富的生物能，（用作燃料或能源的植物材料、蔬菜或农业废弃物），营养物质数量更多，生物多样性更为丰富，野草更少，破坏性昆虫更少，更多的水分和小气候平衡。所以，越来越依赖于技术的咖啡种植园就带来了生态结构的简化和生物多样性的减少。传统的生长遮光植物的咖啡种植园—就像埃塞俄比亚、印度、墨西哥、危地马拉、尼加拉瓜以及其他一些地方的种植园—是原始森林的缓冲区域，同时也是很多植物、昆虫、陆生哺乳动物以及候鸟的栖息地，在中美洲尤其如此。

       哥伦比亚和墨西哥的研究表明：同遮光咖啡种植园中生活的鸟类相比，阳光直射的咖啡种植园大约只有其5%的数量。在遮光种植园中，遮光树木不仅保护了咖啡树，还给鸟儿们提供了食物和住所。