环境条件不同，疾病和寄生虫会袭击咖啡树的不同部分。超过900种不同细菌、病毒、真菌、线虫、软体动物以及鸟类会袭击咖啡树的根、叶、果实或整个植株。（虽然阿拉比卡和罗布斯塔咖啡树都有一些品种抗病性或强或弱），但是一般而言罗布斯塔咖啡树比阿拉比卡咖啡树的抗病性要强得多。

       到目前为止，对咖啡树会造成最大损毁的疾病是锈病。锈病是由一种叫做Hemileia Vastatrix 的显微真菌引起的，它会危害阿拉比卡咖啡树的叶子。另外一种真菌Hemileia Coffeicola会毁坏罗布斯塔咖啡树的叶子，这仅仅在非洲发生。

    在19世纪后半叶，锈病完全毁灭了斯里兰卡和印度尼西亚群岛的咖啡种植园。人们使用化学方法来对付这种真菌，但是最终解决办法还是引入抗病性越来越强的咖啡树种。

    另外一种真菌会毁坏咖啡的成熟及未成熟果实，这种真菌叫做Colletottrichum Coffeanum，能够引发咖啡果实的疾病。这种疾病是在1922年的肯尼亚发现的。核果遭到这种真菌的破坏，成为生长酵母菌、真菌和细菌的有利环境，这种核果最终制成的咖啡口味就不佳了。

       其他的真菌和昆虫可以袭击咖啡树的根，这个问题在非洲的一些地区尤为严重。还有一种寄生虫，人们在所有的咖啡出产地都发现了它的踪影。这是一种雄性甲虫，叫咖啡果实钻孔虫，它在咖啡果实上钻孔，直到内部的种子，然后在那儿产卵。此后，幼虫又在种子里钻洞，因为它们以胚乳为食。

       同这些害虫作斗争是咖啡种植者在维持和提高咖啡生产中面临的主要挑战之一。