《办法》共十八条，对餐饮服务食品安全飞行检查的含义、实施原则、实施情形、职责分工，以及检查程序、内容、结果处理等作出了具体规定。《办法》明确，餐饮服务食品安全飞行检查是食品药品监管部门针对特定情形对餐饮服务单位是否依法从事餐饮服务活动实施的突击现场检查。
为确保飞行检查的突击性，《办法》设立了保密制度。飞行检查的时间、地点、事项，由组织开展飞行检查的食品药品监管部门确定。未经飞行检查组组长同意，任何单位和个人不得将检查安排事项事先泄露。对违反有关工作纪律的人员，依法依纪进行处理。
为确保飞行检查的针对性，《办法》规定了四种可以实施飞行检查的情形：一是餐饮服务单位涉嫌严重违反食品安全法律法规，可能造成严重危害或重大社会影响的；二是餐饮服务单位存在严重食品安全隐患，可能造成严重危害或重大社会影响的；三是餐饮服务单位存在食品安全隐患，可能引发区域性、系统性食品安全风险的；四是其他有必要组织开展餐饮服务食品安全飞行检查的。
为确保飞行检查工作依法、审慎、及时、客观、公正进行，《办法》从检查程序、内容、结果处理等方面作出了规定。
一是实施飞行检查应经组织检查的食品药品监管部门有关负责人批准。
二是飞行检查组实行组长负责制，成员不少于3人，由组织飞行检查的食品药品监管部门相关人员、下级食品药品监管部门相关人员以及对被检查单位具有管辖权的食品药品监管部门相关人员组成。必要时可请有关专家、媒体记者参加。
三是下级食品药品监管部门和被检查的餐饮服务单位应当协助、配合飞行检查组进行检查。
四是餐饮服务食品安全飞行检查记录应有被检查的餐饮服务单位的法定代表人签字。餐饮服务单位对检查结果有异议的，可依法陈述、申辩。
按照《办法》的要求，餐饮服务食品安全飞行检查结束后，检查组应及时撰写飞行检查报告，提出处理建议，责令由具有管辖权的食品药品监管部门依法处理，同时可将检查情况通报地方政府。按照食品安全信息公布有关要求，组织检查的食品药品监管部门应当及时向社会公布飞行检查有关情况。